关于九尾之乱的幕后黑手就是宇智波带土这件事，波风水门将其列为最高机密，知情者仅限于当时在场的极少数绝对心腹，并且下达了封口令。他对妻子玖辛奈也选择了隐瞒。
之所以如此——
首先，带土是宇智波一族的人。宇智波与木叶的关系自初代后就变得微妙紧张起来，尤其到了第三代，裂痕越来越大，双方警惕彼此跟对敌人一样。
他上台后，凭借个人威望和相对公正的态度，加上他自己也有意和宇智波交好，才勉强缓和了一些。一旦带土策划九尾之乱的消息曝光，必然会在村内掀起对宇智波一族的集体恐慌和敌视，他好不容易维系住的脆弱平衡将瞬间崩塌，甚至可能引发内乱。
这是他绝不愿看到的。
其次，是私心。
带土是他曾经的学生。那个阳光、乐观、总是喊着“要成为火影”的少年，变成如今这副偏执、冷酷、掀起灾难的样子，波风水门很愧疚心痛。
他觉得自己作为老师，负有不可推卸的责任。如果，神无毗桥的时候他能快一点，如果，琳那次他能快一点就像带土所说，为什么他总是来迟一步。
综上所述，波风水门想要救带土。
这个想法无疑是自私的。那些在九尾之乱中失去亲人、家园被毁的无辜村民和忍者，他们的痛苦和损失，又该由谁来承担？带土犯下的罪行，罄竹难书，岂是一句“老师没教好”就能轻描淡写揭过的？
波风水门清楚的知道这一点。
可是啊，他到底并非圣人，他也有着属于自己的私心。在村子的稳定与对学生的复杂情感之间，他做出了一个艰难且注定备受争议的决定——暂时隐瞒真相。
木叶地下，监狱深处。
这里戒备森严，光线昏暗，唯有墙壁上摇曳的烛火投下斑驳晃动的光影带来一点光亮。
宇智波带土被囚禁在此，身上缠绕着层层叠叠的封印符咒，更有特制的查克拉抑制镣铐锁住他的四肢。
这也是没办法的事，带土的万花筒写轮眼能力“神威”太过麻烦，涉及空间层面，不动用最高级别的封印，他百分百会逃脱。
摇曳的烛光映照在波风水门的侧脸上，勾勒出他眉宇间那化不开的愧疚与沉重。他站在牢房外，隔着特制的栅栏，看着里面那个蜷缩在角落阴影里的身影——
带土整个人几乎融入了黑暗，仿佛他自身就是那腐败、溃烂的一部分，散发着绝望与死寂的气息。
自那天在严胜的瞳力下被迫吐露所有真相，情绪短暂爆发、歇斯底里的质问了波风水门之后，带土就一直是这副样子，不言不语，不饮不食（全靠营养液维持），如同一个失去灵魂的空壳。
水门的目光落在带土那半边布满狰狞疤痕、毁容的脸上，又想起同样惨状的半边身体。这个样子，身体机能不免受到影响，而那影响肯定是毁灭性的，说真的，带土能活下来真的是匪夷所思。
他的学生，究竟在那场大家认为的“死亡”之后，经历了怎样的痛苦，才会变成如今这副模样？
水门那向来能言善辩、总能安抚人心的口才，此刻却像是被堵住了一般，一个字也说不出来。
可他想说的话其实又有很多。
他想说：“带土，对不起，一切都是老师的错，你可以恨我，怨我，把所有的痛苦都归咎于我”
他想说：“错都在我，你要报复，就冲我一个人来，不要牵连无辜的人。”
他还想说：“村子里有很多人是真心待你，在你死后，那些被你经常照顾的老人们自发组织起来去给你扫墓，去看你，宣传你的事迹，让更多人知道你的英勇，他们就像是自己的孙子牺牲了一样，既自豪又悲伤玖辛奈更是把你当做亲弟弟一样照顾。没有人对不起你，为什么要对他们下手？”
然而，所有这些话，他都清楚的知道，说出来毫无意义。
带土已经听不进去，甚至可能只会激起他更深的嘲讽和愤怒。于是，千言万语，最终只化作了一声沉重到几乎无法呼吸的叹息，消散在这阴冷窒息的牢狱空气中。
三代火影那边，早已询问过关于幕后黑手的身份和目的。波风水门只能用“对方身份特殊，涉及重大隐秘，需进一步调查以确保村子稳定”等理由暂时搪塞过去。
但他知道，这种借口维持不了多久，三代并非易于糊弄之人。
而志村团藏及其领导的“根”部，则带来了更大的麻烦：团藏多次在高层会议上或明或暗的施压，质疑波风水门为何迟迟不公布凶手身份？为何要将凶手藏得如此严实？甚至隐晦的暗示凶手是宇智波，而四代目一向与宇智波关系亲近，这其中是否有什么不可告人的勾结？
这种质疑并非空穴来风。毕竟，凶手那只独特的写轮眼是许多人都亲眼目睹的。而波风水门维护宇智波的立场也是众所周知。他的做法，确实容易引人疑窦。
“好在”：带土在九尾之乱中的行为是实实在在的——他对曾经的老师没有一丝留情，招招致命
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